Базы данных имеют свойство пропадать и теряться. Факторов довольно много, от отключения света и отсутствия бэкапа, до черезмерного возлияния пивом в день Сисадмина.
Судя по всему разработчики MySQL бухали что черти и частенько роняли базы, потому и создали отличную утилиту mysqlbinlog которая умеет восстанавливать БД из бинарных логов.
Включаются данная функция в файле конфигурации мускула (my.ini, my.cnf в зависимости от ОС), опцией log_bin в которой и указываются пути до бинарных логов. По умолчанию кстати она отключена, так что лучше ее включить, дабы обезопасить себя от форс-мажорных обстоятельств.
mysqlbinlog -help введенный в консоли - подробно расскажет о опциях данной утилиты.
Восстановление из определенного файлика:
mysqlbinlog -s -d db_name -r dump.sql mysql-bin.000001
Таким образом мы восстанавливаем db_name в файлик dump.sql который в последствии можно будет залить в MySQL следующим способом:
mysql -u user -ppass < dump.sql
У данной утилиты существует еще куча опций и возможностей, которые подробно рассмотрены в мануале по mysqlbinlog.