Vagrant под Linux не хочет работать с ssh-ключами на ntfs-разделе. В момент развертывания виртуалки он говорит примерно так:
Key inserted! Disconnecting and reconnecting using new SSH key... The private key to connect to the machine via SSH must be owned by the user running Vagrant. This is a strict requirement from SSH itself. Please fix the following key to be owned by the user running Vagrant: /media/sda3/home/devchroot/.vagrant/machines/default/virtualbox/private_key
Все потому что раздел по умолчанию монтируется не с теми правами. Дабы все было хорошо, монтировать диск надо вот с такими опциями:
mount /dev/sda3 /media/sda3 -t ntfs-3g -o uid=1000,gid=1000,dmask=002,fmask=0177
где uid и gid соотвествуют вашему пользователю в системе (можно посмотреть позвав id в консоли).
Можно принести шаблон в /home, но у меня директория с проектами слинкована в ntfs-раздел.